1、染色体异常
从11个出版物的资料库统计男性不育患者9766人，染色体异常的发病率为5.8%[1]，其中性染色体异常4.2%，常染色体异常1.5%。与之相比较的是三个系列94465个新生男婴的染色体异常为0.38%，其中性染色体异常131人（0.14%），常染色体异常232（0.25%），在严重生精障碍的患者异常率可能增加[1，3]。这些精子参数很差的患者通过ICSI技术有可能获得做父亲的权利，这些患者ICSI治疗前应常规做核型检测。
2、性染色体异常（克氏征和变异，如46XY，47XXY，47XXY嵌合体）
克氏征是性染色体最常见的异常，新生儿的发病率为0.07%(66/9766)。成人克氏征患者有坚硬的小睾丸，里面生精细胞全部缺乏。临床表现从正常男性外表到男性性腺激素不足：毛发稀少、女性毛发分布，由于骨骺闭合延迟而至手臂和下肢变长。
在克氏征中雷氏细胞常常受损，睾酮水平可以正常或降低，E2水平正常或者升高，FSH升高，奇怪的是虽然T水平较低而性欲常正常，但随着年龄增加需补充雄激素。
在克氏征嵌合体(46XY/47XXY)患者中有生精细胞存在和成熟精子产生，胚胎种植前FISH分析能证实有正常的胚胎。24XY精子在克氏征嵌合体患者中占0.9-2.1%，在克氏征患者中占1.36-25%，这显示有些47XXY细胞能进行减数分裂产生正常的精子。目前尚不清楚单倍体精子产生的机理，在一定情况下，有些47XXY男性生殖细胞能产生单倍体精子。
克氏征患者产生47XXY精子的概率增加，ICSI周期时应作PGD检查，如无条件，应行羊水检查核型。47XXY核型胚胎不应种植。
克氏征患者具有雄激素缺乏的风险，随着年龄的增大，需激素替代疗法。对那些进行睾丸活检取精术的克氏征应作长期的激素检测随访。
3、常染色体异常
当人们知道存在常染色体异常时仍然再三地寻求包括IVF/ICSI在内的生育治疗方法，对这些患者遗传学咨询是非常必要的。
当男性伴侣有常染色体异常时，应对这对夫妇进行遗传学指导，夫妇的愿望和将来孩子的情况常常是有冲突的，可能导致伦理抑制治疗。一般来说，最好的处理是接受患者的治疗并辅以遗传学咨询，提供他们有关遗传风险知识。
4、遗传缺陷
（1）X连锁遗传疾病和男性不育
男性有一条X染色体，X连锁的隐性异常在男性中成为显形异常，并传递给女儿而不是儿子。
（2）Kallmann综合征
Kallmann综合征是不育症中最常见的X连锁遗传疾病，最多的形式为由XP22.3上的KALIG-1基因突变所致的X连锁的隐性遗传。少见的形式包括常染色体优势。
Kallmann综合征患者具有低促性腺激素性腺功能低下体征，还有其他临床体征，包括嗅觉丧失、脸部不对称、味觉灵敏、色盲、耳聋、睾丸下降不全(隐睾)和肾脏畸形。
值得注意的是有些Kallmann综合征患者只有低促性腺激素性腺功能低下体征而没有其他临床表现，这些患者可成功地运用激素替代疗法治疗不育症。
（3）雄激素不敏感：Renifenstein综合征
雄激素不敏感症首发于不育症较为少见，这是一种X连锁隐性遗传疾病，由于Xq11-12的雄激素受体基因缺乏所致，临床表现多样化，从完全女性化睾丸到正常表型的不育男性，尽管后者很少见。
在那些高雄激素、低精子数量的患者中寻找导致雄激素缺乏的结构基因，用基础配对分析技术没有发现异常。现在有几种新的雄激素受体突变正引起关注。所有的这些患者有明显的生殖器畸形，如尿道下裂。雄激素不敏感的不育男性常伴生殖器畸形.
（4）他X疾病
一个个例报道：睾丸活检证实为生精阻滞的无精子症患者的外周血和皮肤纤维细胞中发现Xp假常染色体区域间隙性缺失，其他染色体检查均正常，包括Yq区域。另有一个个例报道两个无精子症男人伴有X假性缺失。
（5）与男性不育无关的X连锁遗传疾病
有少数X连锁遗传疾病与男性不育无关，属隐性遗传，出现在男孩中，但跳跃几代遗传，因此家族史很重要。这些疾病包括：
视网膜黑色素瘤：人群发病率1/3000，可以隐性或显形，造成视力损害。
Hromie肉芽肿疾病：造成严重细菌和真菌感染
Menkes`综合症：X连锁隐性遗传病，干扰铜代谢与进展性神经症状有关
（6）Y基因和男性不育
大量的有关Y微缺失的文献已报道，认为微缺失可能发生在已育人群中，但更多的发生中不育人群中。微缺失在Y染色体的三大区域（AZFa-b-c）发现，一些被报道的基因有RBM，DAZ，DEFRY，DBY，XXX等，报道最多的为AZFc区域的微缺失，位于DAZ基因中。但DAZ基因的缺失与是否存在生精功能障碍没有紧密联系。
（7）Y微缺失的临床含义
没有人报道携带Y微缺失的男人有畸形存在，更多的报道为异常的生精功能。因为只有一条Y染色体，所以推断Y微缺失将传递给男孩。在正常人群中的较少见的可能原因是这些精子参数差的患者如果不通过ICSI技术成为孩子父亲的可能性较少。只有8个这类个例报道，目前尚需要更多的资料证实，携带Y微缺失的低精子参数的父亲通过ICSI技术出生的男孩的精子参数同样较差，这些男孩需长期随访。
（8）Y微缺失检测
目前Y微缺失检测使用广泛，由于缺乏标准化的实验方法，对报道的结果较难作直接比较。一些中心研发出一种扫描方，因组织学和DAZ缺失没有直接联系，用特殊探针检测为时尚早，目前还没有发现微缺失的男性有特定的缺陷部分。比较来自欧洲28个不同实验室的报告显示用多数量的引物不能提高结果的准确性，建议标准化的出台。
