潜伏期5～14天,双眼患病,多发生于儿童或少期。轻的沙眼可以完全无自觉症状或仅有轻微的刺痒,异物感和小量分泌物,重者因后遗症和并发症累及角膜,有怕光、流泪、疼痛等刺激症状,自觉视力减退。

沙眼衣原体主要侵犯睑结膜,最后以瘢痕形成而告终。检查时其特征如下：

1、血及血管模糊：由于血管扩张,结膜上皮下有弥漫性的淋巴细胞及浆细胞等慢性炎细胞浸润,使透明的结膜变得混浊肥厚,血管轮廓不清,呈一片模糊充血状。

2、乳头肥大：睑结膜面粗糙不平,呈现无数的线绒状小点,是由扩张的毛细血管网和上皮增殖而成。

3、滤光增生：是结膜上皮下组织在弥漫性浸润的基础上,由局限的淋巴细胞聚集而成。初发时,上睑结膜出现散在细致的黄白色小点,不突出于结膜表面,夹杂在肥大的乳头之间,为沙眼早期诊断依据之一。

4、角膜血管翳：在结膜发生病变的同时,首先角膜上缘的半月形灰白区血管网充血,发生新生血管,伸入透明的角膜上皮与前弹力层之间,各新生血管之间伴有灰白色点状浸润,是角膜上皮对沙眼衣原体的一种组织反应,称为角膜血管翳。它是沙眼早期诊断的依据之一。随病情进展,血管翳成排向瞳孔区悬垂下来,形似垂帘,当上方血管翳向下越过瞳孔区时,角膜其他方向亦都长出血管翳向中央进行,布满整个角膜。细胞浸润严重时,可形成肥厚的肉样血管翳。（pannus crassus）,严重影响视力。

5、瘢痕形成：当沙眼进行数年甚至数十年,所有炎性病变如滤泡、乳头,将发生破溃或坏死,而逐渐被结缔组织所代替,形成瘢痕,这标志着病变已进入退行期。

沙眼的病程,因感染轻重和是否反复感染有所不同。轻者或无反复感染者,数月可愈,结膜遗留薄瘢或无明显瘢痕。反复感染者,病程可缠绵数年至数十年之久。