学院现有国家教育部重点学科6个，上海市重点学科11个（其中“重中之重”学科2个），上海市教委重点学科23个，上海市医学领先专业重点学科9个，上海市临床医学中心15个。有国家重点实验室2个，教育部重点实验室2个，卫生部重点实验室5个，上海市重点实验室13个，世界卫生组织（WHO）合作中心3个，上海市级研究所21个；10个学科列入“211工程”重点建设学科。
科研能力：医学院学科优势明显，科研成果卓著，科研项目经费数始终在国内医学院校中处于领先地位。自“九五”期间进入“211工程”建设以来，医学院获得各级各类纵向科研项目2319项，总经费48885万元，其中国家级科研项目经费26271万元，占总经费的53.7%。国家项目中包括国家重点基础研究项目（973）6项，国家自然科学基金重大项目2项、重点项目9项，国家高技术研究发展项目（863）44项。“九五”以来，医学院共获得市（部）级科技成果奖335项，其中国家自然科学二等奖3项，国家科技进步奖17项，国家发明奖3项。近年来，被〈SCI〉收录的论文数逐年大幅度上升，〈SCI〉单篇论文引证数居全国前列。科研项目、科研经费及国家重大重点项目承担数在全国医学院校中处于领先地位。
办学特色：在一百多年的办学历史和五十多年的建校历程中，医学院坚持发扬“海纳百川、博采众长”的优良传统；大力弘扬“博极医源、精勤不倦”的医学院精神。具有临床医学教学条件优裕，临床医学教育和研究相结合；办学模式多元化、人才培养复合型、课程体系多样化、教学方法灵活、积极吸纳国内外先进的办学经验和教学理念的优势和特色。与中国科学院上海生命学院合作成立了健康研究中心，联合开展科学研究。
在国际上：同法国、美国、日本、比利时、澳大利亚、瑞典、香港等19个国家和地区的61所大学及科研机构开展了广泛的合作与交流；聘请了256位外国专家为名誉教授、顾问教授和客座教授；并与世界卫生组织、联合国人口基金会、香港华夏基金会、美国民间健康基金会有着广泛的合作。中法合作办学的临床医学七年制法文班，是中法两国政府的重点合作项目之一。学生在校以法语为第一外语，部分基础课程以法语授课。每年由法方派遣教授来院参与教学。经考核合格者被选送赴法国的医院，作为实习住院医师培训一年。
