第一临床医学院附属第一医院
华西医科大学附属第一医院是具有悠久历史，集医、教、研三位一体的大型综合性教学医院。1990年被评为“三甲”医院，并一直保持着省级“文明医院”和“全国卫生系统先进集体”称号。
医院拥有磁共振、全身CT、直线加速器、ECT、彩超、前列腺射频治疗仪等大型高精尖新诊疗设备。有300余高级职称人员的雄厚技术队伍。医院设临床科室30个：心血管内科、呼吸内科、消化内科、血液内科、肾病内科、内分泌内科、干部保健科、传染内科、普外科、儿外科、胸外科、脑外科、眼科、神经内科、中医科、耳鼻喉科、精神科、皮肤科、门诊部、肿瘤科、针灸科、急诊科、外科实验室、骨科、实验外科；医技科室12个：超声诊断科、核医学科、检验科、病理科、药剂科、免疫中心，中心供应室、营养科、激光科、康复中心、临床药理、病案科；研究所室17个：医学遗传研究室、泌尿外科研究室、肝胆胰研究室、心血管病研究室、神经疾病研究室、糖尿病胰岛素研究室、温病理论研究室、病毒性肝炎研究室、耳鼻咽喉疾病研究室、眼科研究室、核医学研究室、神经外科研究室、病理学研究室、修复与重建外科研究室、临床药理研究所、器官移植中心、精神卫生研究所；卫生职校1所。门诊部设有80余种专科专病门诊和一系列便民措施，设病房1235张。年门诊量近70万人次，年住院病人1.7万人次。
医院在眼底病、心脏瓣膜置换、器官移植、脊柱和显微外科、中西医结合治疗坏死性胰腺炎、腔道泌尿外科、糖尿病、二尖瓣球襄成形术、射频电消融术、肝胆胰疾病和MRI、ECT影像诊断等方面已形成重点研究领域并处于国内先进地位。医院还主编有《华西医学》、《中华眼底病》、《中国修复与重建》3个国家级杂志。
第一临床医学院附属第二医院
附二院是集医疗、教学、科研为一体的西南最大的妇产儿科医院。
医院有病床299张，设八个临床科室：儿科血液、儿科新生儿、儿科心血管、普通儿科、儿童保健、妇科、 产科、计划生育科；三个医技科室；物理诊疗、放射、检验。附二院妇产科在妇科肿瘤诊治、电视腹腔镜手术、高危妊娠的监护及处理、不孕症手术治疗、内分泌及更年期疾病的治疗；儿科在血液肿瘤、肾脏、神经及呼吸系疾病的诊治等方面处于国内领先地位。
医院设博士点2个: 儿科学和妇产科学。1993年被卫生部评定为“爱婴医院”。
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