由于沙眼是一种慢性、顽固性眼病，治疗上必须做到长期不间断给药，白天点眼药水3~4次，晚上涂眼药膏，坚持用药3~6个月。治疗药物可分局部点药法和口服药物疗法。

　　局部点药法：治疗沙眼的外用药很多，可选用：30%磺胺醋酰钠眼药水(斑马眼药水)，0.1%肽丁胺眼药水，0.25%氯霉素眼药水，0.1%利福平眼药水等。每日3~4次，晚上涂金霉素、四环素、土霉素眼药膏。

　　口服药物疗法：治疗沙眼多以局部给药为主，但对症状较重的活动性沙眼或并发角膜炎、角膜溃疡者，可配合口服长效磺胺、土霉素、四环素等控制病症.

　　除药物治疗外，治疗沙眼还可根据需要采取1%硝酸银局部涂布，沙眼滤泡压出术，沙眼摩擦术，沙眼并发症的手术治疗等治疗方法。